电影故事紧接上一集《英雄远征》，在神秘客暴露了蜘蛛侠的秘密身份是彼得·帕克后，帕克的生活有了极大的改变，甚至影响了他和朋友们申请大学。但由于咒语失败，最终招来的却是平行宇宙中知道蜘蛛侠真实身份的超级反派们……《蜘蛛侠：英雄无归》的创新则在于，真正将多元宇宙的概念和前代电影创造的相同角色相融合，在继续开发「荷兰弟」版蜘蛛侠的同时，也承认了此前两版蜘蛛侠可以继续存在的合理性。